По данным ведомства, единого подхода к применению коэффициентов выравнивания в рамках финансового обеспечения выполнения государственного задания не существует, что влечет за собой «“перекосы” финансирования и коррупционные риски при распределении средств».

Аналогичную ситуацию наблюдают с допустимыми отклонениями показателей качества и объема услуги госзадания. Учредители устанавливают значения в диапазоне от 5% до 90%, хотя, по мнению аудитора, при уровне отклонения выше 15% появляются риски завышения затрат.

Согласно оценке эффективности использования субсидии на выполнение государственного задания, проводимые университетами исследования и научные работы мало востребованы.

Правами на результаты интеллектуальной деятельности обладали только 20% проверенных вузов, а доходы от их использования в 2016 году смогли получить лишь 6,4% университетов.

По словам Меня, установленные Минобрнауки контрольные цифры приема студентов не учитывали потребности российских регионов и работодателей в соответствующих кадрах. Причиной этому называют отсутствие системы мониторинга данных о трудоустройстве по специальности.

Помимо этого, Счетная палата выявила невыполнение майского указа российского президента в части повышения зарплат преподавателей вузов и научных сотрудников. Большинство таких университетов отмечено у Минкульта.