Академия при взаимодействии с министерством будет осуществлять научное руководство подчиненных ведомству НИИ и вузов, следить за результатами их деятельности и оценивать ее. РАН сможет предлагать министерству государственные задания для вузов и научных организаций на проведение исследований.

В то же время РАН будет согласовывать решения о ликвидации научных организаций и их реорганизации, а также о внесении изменений в их уставы. Помимо этого академии предстоит согласовывать кандидатуры руководителей НИИ и научных направлений.

В июне правительство выступило с инициативой по увеличению полномочий Рособрнадзора. Ведомству хотели дать право проверять вузы и научные организации, а также проводить мониторинг результативности деятельности НИИ. При этом критерии оценки смог бы определять сам Рособрнадзор.

Впоследствии академики РАН выступили против этой инициативы. Члены «Клуба 1 июля» и члены-корреспонденты академии заявили, что у Рособрнадзора недостаточно компетенции для выполнения поставленных задач. По мнению академиков, решения ведомство принимает исходя из бюрократических показателей, которые не имеют отношения к настоящей научной деятельности.